Le attività di insegnamento e studio del Progetto STOQ III alla PUL seguono essenzialmente lo schema già stabilito con successo per i Progetti STOQ I-II alla PUL. Il Progetto offre cioè, su base bienniale, una serie di corsi fondamentali — offerti da Professori della PUL — e di corsi intensivi, offertri generalmente da professori invitati da altre Università.

Questi corsi - e i relativi Workshops eventualmente associati - sono offerti in vista di integrare l'attuale dibattito Scienza-Religione nei curriculi di Specializzazione nelle Facoltà di Filosofia (specializzazione in “Logica ed Epistemologia”), e di Teologia (specializzazione in “Teologia Fondamentale: Scienze della Religione”). Dall'A.A. 2007-8 anche la Facoltà di Diritto Canonico ha cominciato ad aderire al Progetto.
Questi corsi sono strutturati nei due anni secondo le due grandi Aree Tematiche di:

1. Fisica, Cosmologia e Teologia
2. Scienza e Ontologia della Vita Intelligente
   

La principale attività di ricerca alla PUL riguarda il tema di "Una Nuova Antropologia per il Terzo Millennio". A questo scopo, è prevista la pubblicazione di un altro volume, oltre il precedente riguardante l'attività di ricerca del Progetto STOQ II alla PUL ed i cui principali contenuti possono essere già consultati online, nella scheda "Ricerche" della pagina Altri Documenti di questo sito. I due volumi sono frutto della collaborazione fra i Professori della PUL e altri Professori Invitati del Progetto STOQ. I vari contributi sono organizzati nelle sezioni su: “Storia della Filosofia”, “Metafisica e Ontologia”,  “Etica”, “Fenomenologia e Altre Culture” e “Neurofisiologia e Scienze Cognitive”